Florence Malgoire est invitée comme premier violon solo aux Arts Florissants de William Christie, position qu’elle a tenue régulièrement pendant les 20 dernières années dans les orchestres baroques de Herreweghe, Malgoire et Rousset. En 2003, elle fonde et dirige son propre ensemble Les Dominos, à géométrie variable, allant du trio à la formation orchestrale. Elle se produit également en sonate avec Blandine Rannou (l'intégrale des sonates de J.S. Bach pour violon et clavecin est parue en septembre 2005 chez Zig-Zag Territoires). Elle est également professeur au Conservatoire de Genève (C.M.A. Haute Ecole) de violon baroque, de musique de chambre, et dirige des projets avec l'orchestre du conservatoire.