Nils Ferber a étudié la flûte à bec au CNR de Strasbourg avant de poursuivre sa formation à la Schola Cantorum de Bâle où, sous la direction de Michel Piguet, il se consacre aux instruments à anche de la Renaissance (chalemie, bombarde) et du baroque (hautbois). Il enseigne alors au Conservatoire de Strasbourg avant d'être nommé professeur de flûte à bec et de hautbois au Centre de musique ancienne de Genève.
Il joue aujoud'hui régulièrement avec l'Ensemble Baroque du Léman et l'EVL et a participé à de nombreux concerts et enregistrements dans plusieurs pays d'Europe et en Amérique du Nord et du Sud, notamment avec les ensembles Ricercar, Huelgas, Clemencic Consort, Deller Consort, Collegium Vocale, La Chapelle Royale, Linde Consort, Concerto Köln et Elyma.