Meike Güldenhaupt a étudié la musicologie à Freiburg en Brisgau et le hautbois baroque avec Katharina Arfken à la Schola Cantorum de Bâle. S'en est suivi un troisième cycle au Conservatoire de La Haye avec Ku Ebbinge et des masterclasses avec, entre autres, Alfredo Bernardini.
Elle vit à Bâle et a déjà joué avec Herreweghe, Hengelbrock ou Parrott, et travaille régulièrement avec des ensembles tels que L'arpa Festante München, le Balthasar-Neumann-Ensemble, Cappricio Basel, le Freiburger Barockorchester, et la Wiener Akademie für alte Musik.